Pred začiatkom samotného ošetrenia je vyhradený čas na krátku konzultáciu, počas ktorej je priestor porozprávať sa o tom, ako sa cítite a čo sa odohráva vo vašom tele.
Samotná terapia prebieha väčšinou v ľahu na chrbte. Terapeut pracuje jemnými dotykmi cez oblečenie, napríklad v oblasti priehlavkov, krížovej kosti, brušnej dutiny, hrudníka, ramien alebo hlavy, podľa priebehu konkrétneho ošetrenia. Je dôležité, aby sa vám ležalo pohodlne, nič vás pritom nerušilo a netlačilo. Preto odporúčame prísť na terapiu v pohodlnom oblečení. Dotyky terapeut zvyčajne dopredu vysvetlí a upraví ich na základe vzájomnej dohody tak, aby boli pre vás pohodlné.
Väčšinou príde klient na prvé sedenie s konkrétnym zdravotným problémom v nádeji, že sa príznaky zlepšia hneď po prvom ošetrení. Organizmus môže v tej chvíli za pomoci síl zdravia vyrovnávať viacej externých vplyvov zo svojej histórie, ktoré môžu byť navzájom poprepájané ako reťaz. Pri práci s kraniosakrálnou biodynamikou dávame priestor vnútornej Inteligencii, ktoré z ôk reťaze sú práve v tej chvíli vhodné na rozpojenie. Môže sa stať, že to bude práve ten symptóm, s ktorého by sa klient v tej chvíli najradšej zbavil, ale môže to byť v porovnaní s ním zdanlivo druhoradá záležitosť. Dôvody môžu byť rôzne. Organizmus možno práve nemá dosť energie, aby sa vyrovnal s tým náročnejším okom siete. Rozpojenie reťaze na inom mieste môže pre neho v tejto chvíli byť jediné stráviteľné sústo. Dosiahne tým však úsporu energie na to, aby sa pri jednom z nasledujúcich sedení mohol zaoberať aj tou pálčivejšou témou.
Štandardne sa preto odporúča absolvovať cyklus 5-tich po po sebe nasledujúcich ošetrení, ktorý vo väčšine prípadov poskytne organizmu klienta priestor na rozdelenie reťaze “blokov” na toľko častí, že aj klient pocíti želanú zmenu.